Η διαγαλαξιακή κυνηγός επικηρυγμένων Samus Aran λαμβάνει ένα σήμα κινδύνου από μια κατεστραμμένη φρεγάτα σε τροχιά γύρω από τον πλανήτη Tallon IV. Μετά από έρευνα, η φρεγάτα αποκαλύπτεται ότι είναι ένα ερευνητικό σκάφος πειρατών του διαστήματος που φιλοξενεί τρομακτικά γενετικά πειράματα χρησιμοποιώντας τη μυστηριώδη ουσία Phazon.